阵型替换功能是提高战斗灵活性的决定因素机制。该玩法允许玩家在再战环节根据对手阵型调整己方忍者配置，体系默认提供三个出战位置，玩家可通过点击阵型按钮进入详细信息界面，选择左下角的替换功能调出忍者列表进行更换，主角人物不可替换这一限制条件。

合理运用阵型替换机制需要建立在忍者收集和培养的基础上。游戏内忍者分为先锋、强袭、后勤等类型，先锋类如自来也兼具攻防能力，强袭类如迈特凯专注爆发输出，后勤类则提供治疗和控制。替换阵型时应优先思考忍者间的羁绊加成，例如同时上阵新猪鹿蝶组合可获取攻击力提高效果。忍者稀有度越高则基础属性越强，SS级忍者技能数量和强度显著优于B级，但部分A级忍者在特定场合也许发挥决定因素影响。

面对高爆发对手时可换上拥有细胞再生之术的大蛇丸提高生存能力，遭遇控制型阵型则选择免疫不良情形的忍者。替换时机需结合回合数和奥义点储备，通常在第三回合后敌方决定因素技能进入冷却时进行阵型调整效果更佳。保留至少一名具备打断技能的忍者应对突发状况。

金币和轮回石应优先用于获取核心SS级忍者，但不必过度追求全图鉴收集。忍者培养需均衡进步，升星和技能更新带来的质变比单纯数量更重要。每天参和巅峰对决等方法获取的勾玉晶石、精炼符等资源，应集中用于强化主力阵型的饰品和忍具。